En 840, les Normands détruisent le village.

En 1361, Arnaud de Lescun soutient un procès contre les Clarisses de Mont-de-Marsan, relatif à certains droits seigneuriaux dans la paroisse. Ces mêmes Clarisses disputent à Poyferré de Cère, la légitimité du titre d'écuyer et de seigneur de Cère. Par arrêté de la Cour du 9 octobre 1777, elles sont déboutées.

En 1569, les Huguenots pillent l'église et enlèvent tous ses ornements. Ses ruines subsistent encore en 1866, année où la nouvelle église est bâtie, grâce à l’aide de Poyferré de Cère, par l'entrepreneur Fleuran et l'architecte Forignan, qui avait également conçu celle de Mugron. Les églises de Cère et de Mugron ont en effet le même clocher à quatre clochetons. Les vitraux de Cère sont créés par la Maison Goussard de Condom.

Jean-Marie de Poyferré de Cère (1768-1858) est connu à la fois comme parlementaire et agriculteur. En 1806, Napoléon Ier le nomme chef de l'établissement de mérinos dans les Landes. En 1808, Poyferré de Cère a en effet la mission de ramener d'Espagne, les premiers moutons mérinos (au total 1200 seront sélectionnés) et de les acclimater au département des Landes. L'élevage de moutons mérinos n'a pas de lendemain : il s’avère inefficient. Ces bêtes ne peuvent résister au régime des maigres pâturages et l'on doit revenir à la brebis landaise. Inspecteur principal des Bergeries impériales, tel est le titre de l'initiateur qui paie, d’ailleurs, de ses deniers, son expérience désastreuse. À la pointe des combats incessants, il obtient du Parlement des mesures législatives en faveur de l'agriculture, qui ne sont pas restées sans lendemain, ouvrant ainsi une ère plus prospère au monde agraire. La colonne commémorative des Bergeries impériales est érigée dans le parc du château de Cère.

Commune essentiellement sylvicole, une exploitation sidérurgique tente un effort d'implantation localement, vers 1874, mais l'usine ne fonctionne que peu de temps.

En 1920, il y a encore sur l'Estrigon un moulin typique. Faute de rentabilité, ce dernier disparaît. Ses vestiges sont visibles dans un site fort pittoresque, à mi-chemin entre Cère et Brocas. On l’appelait le « Moulin de Caillaou ». À « Caillaou », existent aussi les vestiges de l’ancienne forge de Cère.