En 1569, les Huguenots pillent l'église et enlèvent tous ses ornements. Ses ruines subsistent encore en 1866, année où la nouvelle église est bâtie, grâce à l’aide de Poyferré de Cère, par l'entrepreneur Fleuran et l'architecte Forignan, qui avait également conçu celle de Mugron. Les églises de Cère et de Mugron ont en effet le même clocher à quatre clochetons. Les vitraux de Cère sont créés par la Maison Goussard de Condom.